射線對人體組織能造成傷害。人體受X射線輻射損傷的程度，與受輻射的量（強度和面積）和部位有關，眼睛和頭部較易受傷害。
衍射分析用的X射線（屬“軟”X射線）比醫用X射線（屬“硬”X射線）的波長長，穿透弱，吸收強，故危害更大。所以，每個實驗人員都必須牢記：對X射線“要注意防護！”。人體受超劑量的X射線照射，輕則燒傷，重則造成放射病乃至死亡。因此，一定要避免受到直射X射線束的直接照射，對散射線也需加以防護，也就是說，在儀器工作時對其初級X射線（直射線束）和次級X射線（散射X射線）都要警惕。前者是從X射線焦點發出的直射X射線，強度高，它通常只存在于X射線分析裝置中限定的方向中。散射X射線的強度雖然比直射X射線的強度小幾個數量級，但在直射X射線行程附近的空間都會有散射X射線，所以直射X射線束的光路必需用重金屬板完全屏蔽起來，即使小于1mm的小縫隙，也會有X射線漏出。
防護X射線可以用各種鉛的或含鉛的制品（如鉛板、鉛玻璃、鉛橡膠板等）或含重金屬元素的制品，如含高量錫的防輻射有機玻璃等。
按照X射線防護的規定，以下的要求是必須遵守的：
1. 每一個使用X射線的單位須向衛生防疫主管部申請辦理“放射性工作許可證”和“放射性工作人員證”；負責人需經過資格審查。
2. X射線裝置防護罩的泄漏必須符合防護標準的限制：在距機殼表面外5cm處的任何位置，射線的空氣吸收劑量率須小于2.5μGy／小時（Gy －戈瑞，吸收劑量單位）。在使用X射線裝置的地方，要有明確的警示標記，禁止無關人員進入。
3. X射線操作者要使用防護用具。
4. X射線操作者要具備射線防護知識，要定期接受射線職業健康檢查，特別注意眼、皮膚、指甲和血象的檢查，檢查記錄要建檔保存。
5. X射線操作者可允許的被輻照劑量當量定為一年不超過5雷姆或三個月不超過3雷姆（考慮到全身被輻照的壞情況而作的估算）。
請參照以下標準：
GB4792 — 84 《放射衛生防護基本標準》
GB8703 — 88 《輻射防護規定》
GWF01 — 88 《放射工作人員健康管理規定》
